Puskesmas Patihan memiliki 3 program Inovasi dalam meningkatkan pelayanan kepada masyarakat. Inovasi tersebut antara lain :
- LAJU WARTA (Layanan Antar Jemput Warga Kota Madiun)
- PKPR MUTIARA (Pelayanan Kesehatan Peduli Remaja, Melayani dan Peduli terhadap Kesehatan dan Konseling Anak dan Remaja)
- POJOK TB